Можно ли на одном носителе Rutoken хранить электронные подписи нескольких сотрудников?

Нельзя. Если записать электронные подписи нескольких сотрудников на один носитель, нарушится конфиденциальность ключей подписи его владельца. Более того, если клиент нарушил требования и записал на один Rutoken  несколько электронных подписей на разных сотрудников, то в случае утери или поломки носителя он лишится всех ключей.