Может ли организация работать с одной электронной подписью?

Да, в организации может использоваться одна электронная подпись руководителя для сдачи отчетности, если должность бухгалтера не предусмотрена. В таком случае в заявление на выдачу и регистрацию сертификата в поле «Главный бухгалтер» укажите, что бухгалтер «не предусмотрен».